Naquele ano de 2000, o Boca começava a montar uma máquina incrível de futebol. Apesar de ter como rival o Palmeiras, que fez um jogo melhor em Buenos Aires, o time argentino conquistou a Libertadores e no fim do ano o mundo.
Um time que começou a ser montado anos antes, em 1998, chegou a seu ápice em 2000 e seguiria em 2001, com essa mesma geração. O time tinha o goleiro colombiano Córdoba, que brilhava, pegava pênaltis e passava segurança. A defesa era formada pelo bom argentino Samuel, que depois foi jogar na Europa, e o colombiano Bermudéz.
Nas laterais, os bons Arruabarrena e Ibarra, que dava segurança atrás e apoiavam bem, além de marcarem muitos gols. Arruabarrena, por exemplo, fez os dois gols do Boca na partida de ida da final da Libertadores, contra o Palmeiras.
No meio de campo, Traverso fazia a contenção, enquanto Basualdo e Battaglia marcavam e saíam por jogo, se desdobravam para dar espaço ao grande craque daquela equipe, o camisa 10, Riquelme. O gênio daquele time, que foi longe.
O ataque ainda tinha o rápido Guillermo Schelotto, que trazia habilidade e qualidade para a linha de frente de time, que ainda tinha o matador Palermo como centroavante. Sempre sob comando do genial Carlos Bianchi, que tinha a cara do Boca.
O ano começou com a disputa do Argentino e da Copa Libertadores. O Clausura da temporada 1999/2000 foi no primeiro semestre de 2000. O Boca foi sétimo colocado dentre 20 times, com 33 pontos. Contudo, três pontos foram perdidos por confusão em jogo fora de casa contra o Newell´s Old Boys, graças à torcida boquense. Com 36 pontos, o time seria vice-campeão, atrás apenas do River Plate, que fez 42 pontos.
No segundo semestre de 2000, o clube disputou o torneio apertura da temporada 2000/2001 e foi campeão, com 12 vitórias, cinco empates e duas derrotas em 19 jogos, somando 41 pontos, quatro a mais que River Plate e Gimnasia y Esgrima de La Plata.
Mas o grande torneio para o Boca seria a Copa Libertadores. E a estreia não foi boa. Na Bolívia, o time perdeu para o Blooming por 1 x 0. No segundo jogo, contra a Universad Católica, em Buenos Aires, o Boca venceu por 2 x 1, com gols do centroavante então titular, Barijho e de Schelotto. O time fechou o primeiro turno com empate sem gols contra o Peñarol, no Uruguai.
O returno começou com uma incrível goleada em Buenos Aires. Contra o Blooming, vitória por 6 x 1, com cinco gols de Alfredo Moreno e um de Traverso. No Chile, contra a Universidad Católica, vitória de 3 x 1 do Boca, com dois gols Barijho e um de Bermúdez. O último jogo foi contra o Peñarol em casa, com vitória do Boca por 3 x 1, com gols de Arruabarrena, Marchant e Barijho.
O Boca se classificou em primeiro, com 13 pontos, quatro a mais que vice-líder Peñarol, que também se classificou.
Nas oitavas, o rival foi o El Nacional, do Equador. Após empate sem gols no Equador, o Boca fez 5 x 3 em La Bombonera, com gols de Riquelme, Moreno, Schelotto, Arruabarrena e Bermúdez.
O rival nas quartas era o também gigante e maior rival, River Plate. E foi no duelo que começou a brilhar a estrela de Riquelme. No Monumental, o River fez 2 x 1, com gols de Pablo Ángel e Saviola, enquanto Riquelme fez o do Boca. No jogo da volta, em La Bombonera, já começaram a brilhar aqueles que seriam os craques do time. Delgado fez o primeiro. Riquelme e Palermo fecharam o placar.
Na semifinal, o rival do Boca seria o América-MEX, que fazia uma grande Libertadores e já tinha aplicado a maior goleada daquela edição, um 8 x 2 no Olimpia-PAR, na primeira fase. No primeiro jogo, em Buenos Aires, o Boca fez 4 x 0 com Arruabarrena, Barijho (2) e Marchant, mas Silva descontou para o América. No jogo da volta, na Cidade do México, com América fez 3 x 0 com Calderón (2) e Estay, mas o Boca marcou o gol da vaga aos 38 da segunda etapa, com o zagueiro Samuel.
A decisão era contra o atual campeão Palmeiras e essa história vocês conhecem. O Palmeiras foi melhor em Buenos Aires, mas ficou no 2 x 2, com dois de Arruabarrena para o Boca. Na volta, no Morumbi, após empate sem gols, o Boca foi campeão nos pênaltis (4 x 2), com Córdoba pegando dois pênaltis, de Asprilla e Roque Júnior.
No segundo semestre, além do Argentino, que conquistou, o Boca jogou a Mercosul. Na primeira fase, caiu no grupo D, com Nacional-URU, Olimpia-PAR e Corinthians. E o Boca passou em primeiro com 12 pontos, com três vitórias e três empates. Contra o Corinthians, empatou por 2 x 2 em São Paulo e na Argentina venceu por 3 x 0.
Nas oitavas, o rival foi o Atlético-MG, que passou. O Galo fez 2 x 0 no Mineirão e segurou o 2 x 2 em Buenos Aires, eliminado o Boca, que ainda tinha o Mundial de Clubes.
E o rival era o Real Madrid. E nesse jogo, brilharam as estrelas de Palermo e Riquelme. Palermo marcou aos 2 e 5 do primeiro tempo, os gols que dariam o título ao time. Roberto Carlos, aos 11 do primeiro tempo, ainda descontaria para o Real, mas não foi suficiente. Esse time do Mundial já tinha Serna, volante pegador e Delgado com mais chances no ataque, após o excelente ano, deixando Schelotto no banco. Esse Boca ainda tinha o goleiro Abbondanzieri e o zagueiro Burdisso no banco. Em 2001, o clube ainda seria bicampeão da Libertadores.