A melhor geração do futebol colombiano surgia ali, em 1989, no Atlético Nacional. Oito jogadores daquele time defenderam a Colômbia na Copa de 1990, em que o time surpreendeu o mundo e só caiu nas oitavas, para Camarões, por conta de um vacilo do goleiro Higuita.
Higuita, aliás, era o grande nome desse time. E seria ainda por anos, inclusive em 1995, levando o time novamente para a final da Copa Libertadores daquele ano, marcando um gol de falta na semifinal contra o River Plate.
Luis Fernando Herrera era um grande lateral, com técnica e força, além de chutar com as duas pernas e ser um ótimo cruzador de bolas. Jogou a vida inteira no futebol colombiano e foi no Atlético que virou ídolo. Defensivamente, aquele time ainda tinha Perea e Escobar, que defenderam a seleção colombiana muitas vezes. Escobar, inclusive, foi assassinado pelo futebol, após marcar gol contra na Copa de 1994.
Leonel Álvarez era um dos caras do meio de campo, algo que levou para a seleção colombiana que surpreendeu o mundo. Já Alexis García era capitão e craque daquele time, organizando as jogadas de ataque da equipe que defendeu por mais de dez anos.
No ataque, Tréllez era o homem em 1989, ao lado de Arboleda. O time ainda tinha o gigante de 1,92 m, Albeiro Usuriaga, que resolveu a vida da equipe na semifinal da Libertadores. Após isso, ainda surgiam Asprilla e Aristizábal, dois craques importantes na história do futebol colombiano.
O treinador naquele ano de 1989 era Francisco Maturana, também histórico no futebol colombiano, responsável por levar aquele time atleticano a ser campeão da Libertadores.
No Colombiano de 1989, o time do Atlético chegou à semifinal jogando um quadrangular com Unión Magdalena, Independiente Santa Fe e Deportes Quindío. Ficou em segundo e se classificou para o quadrangular final contra o Unión Magdalena, que estava em 1°, o América de Cali, que estava em segundo e o Independiente Medellín, que estava em quarta. O Atlético Nacional, por sua vez, estava no terceiro lugar quando o torneio foi cancelado pelo assassinato do árbitro Álvaro Ortega por Pablo Escobar, chefe do Cartel de Medellín.
Na Copa Colômbia, o Atlético Nacional não passou da primeira fase do torneio.
Longe da confusão colombiana (mas nem tanto), o time foi disputar a Copa Libertadores em 1989, após o vice-campeonato colombiano em 1988.
Na primeira fase do torneio, os colombianos enfrentaram os colombianos. Os rivais eram o campeão colombiano, Millonarios e os equatorianos Deportivo Quito e Emelec. Na primeira partida, fora de casa contra o Millonarios, empate por 1 x 1, com gol de Higuita para o Atlético. Contra o Emelec, na segunda rodada, no Equador, novo empate por 1 x 1, com gol de Trellez. Na terceira rodada, também no Equador, novo empate em 1 x 1 contra o Deportivo Quito, com outro gol do goleiro Higuita. A partir daí, o time faria três jogos em Medellín. Contra o Millonarios, derrota por 0 x 2. Contra o Deportivo Quito, vitória por 2 x 1, com gols de Arango e Escobar. Na última rodada, contra o Emelec, vitória por 3 x 1, com gols de Fajardo, Usuriaga e Tréllez. O time foi segundo colocado com sete pontos, três a menos que o Millonarios e três a mais que o Deportivo Quito, terceiro classificado.
Na oitavas de final, o adversário era o Racing da Argentina. Com arbitragem do brasileiro Romualdo Arppi Filho, em Medellín, vitória por 2 x 0, com gols de Vázquez e Villa. Na Argentina, o Racing fez 2 x 0, mas Pérez, com um gol aos 41 do segundo tempo, classificou os colombianos.
Como era regra na Libertadores, o clube foi obrigado a enfrentar o Millonarios nas quartas de final. Em Medellín, vitória por 1 x 0, com gol de Usuriaga. Em Bogotá, no jogo da volta, o Millonarios fez 1 x 0 no primeiro tempo, mas aos 35 do segundo tempo, Tréllez fez o gol da vaga para o Atlético.
A semifinal foi contra o Danubio. Após empate sem gols no Uruguai, o time colombiano fez 6 x 0 em Medellín, com gols de García, Usuriaga (4) e Arboleda. Foi aí que Usuriaga brilhou.
A final foi contra o bom time do Olimpia, que já era campeão da América. No jogo da ida, no Paraguai, derrota por 2 x 0 com arbitragem do brasileiro José Roberto Wright. Na partida de volta, em Bogotá, por impedimento da Conmebol, por conta das ameaças do Cartel de Medellín, com Pablo Escobar. Miño e Usuriaga marcaram para o Atlético e o jogo foi para os pênaltis. Após nove cobranças para cada lado, ou seja, 18 cobranças, o Atlético conquistou o título com vitória de 5 x 4 nas penalidades. Higuita pegou quatro cobranças e ainda marcou o seu.
Naquele ano, o time ainda jogou a Supercopa Libertadores, que tinha apenas campeões do torneio. Contra o Nacional do Uruguai, na primeira fase, derrota por 2 x 1 no Uruguai e vitória por 2 x 0 em Medellín. Nas quartas de final contra o Independiente, empate por 2 x 2 na Colômbia e derrota por 2 x 0 na Argentina.
No Mundial Interclubes, contra o Milan, o time fez grande jogo e manteve o empate por 0 x 0 até os 14 do segundo tempo da prorrogação, quando Evani marcou e deu o título ao Milan.
