A Segunda Divisão do Campeonato Paulista 2016, na realidade equivalente à quarta, uma vez que na competição estadual há as séries A1, A2 e A3, contou com a participação de 32 equipes, divididas, em sua primeira fase em quatro grupo de oito clubes. No Grupo 1, avançaram Grêmio Prudente, Vocem de Assis, Santacruzense e Tupã, equipe comandada pelo ex-corinthiano Tupãzinho. Já no Grupo 2, os classificados foram Internacional de Bebedouro, XV de Jaú, Tanabi e Bandeirante de Birigui. Diadema, Desportivo Brasil de Porto Feliz, Taboão da Serra e Osasco foram os melhores no Grupo 3. Por fim, no Grupo 4, passaram para a fase seguinte Portuguesa Santista, Mauaense, Guarulhos e Jabaquara.
A competição vinha se desenvolvendo tranquilamente, até que, já na segunda fase, uma grande confusão chegou a colocá-la sob suspeita. No jogo contra a Portuguesa Santista, dois atletas do Tanabi receberam cartão vermelho no primeiro tempo e três saíram contundidos na etapa final. Sem o número mínimo de jogadores em campo, o juiz encerrou o prélio com 2 a 0 a favor da Briosa.
Suspeitando da ação de uma máfia de apostas ligada a sites chineses, a diretoria do Tanabi fez o boletim de ocorrência na delegacia da cidade. Porém, o time mais prejudicado acabou sendo a Portuguesa, afinal o Tanabi não tinha mais chances declassificação. Com o jogo finalizado antes do tempo, o clube da Baixada Santista viu-se impossibilitado de ampliar o placar e garantir a vaga com antecedência. De qualquer modo, o caso não foi elucidado e o campeonato prosseguiu normalmente.
A terceira fase da competição foi disputada no sistema de mata-mata, em jogos de ida e volta, e reuniu oito agremiações: Internacional de Bebedouro, Vocem, Santacruzense, Mauaense, Desportivo Brasil, Portuguesa Santista, Taboão da Serra e o XV de Jaú, do técnico Baroninho, ex-ídolo do Flamengo e Palmeiras. A Portuguesa Santista superou o Mauaense fora de casa por 1 a 0 e garantiu a vaga com um sofrido empate de 2 a 2 na Baixada. Os outros confrontos apresentaram semelhante grau de dificuldade. O Taboão da Serra ficou no 2 a 2 com o Inter Bebedouro e venceu por 2 a 1 no campo adversário. O Desportivo Brasil derrotou o Vocem por 3 a 1 em casa e perdeu por 1 a 0 em Assis, classificando-se no saldo. Por sua vez, o XV de Jaú deixou a torcida preocupada ao empatar em casa por 1 a 1 com o Santacruzense, mas depois viajou até Santa Cruz de Rio Pardo e venceu por 2 a 0.
As semifinais foram emocionantes e eletrizaram os torcedores das quatro equipes envolvidas, uma vez que os vencedores dessa fase ganhariam as vagas para a Série A3 de 2017. A Santista conquistou o acesso e a vaga para a final da competição ao bater o Taboão fora de casa por 1 a 0 e empatar por 1 a 1 em seus domínios. Já nos confrontos entre Desportivo Brasil e XV de Jaú, levou a melhor a equipe de Porto Feliz, que venceu as duas partidas, 2 a 1 em Jaú e 4 a 3 em casa. Com os acessos garantidos, Desportivo e Portuguesa empataram o primeiro jogo da final, realizado no estádio Ernesto Rocco em 1° de outubro, por 1 a 1. Já no jogo de volta, no dia 9, no estádio Ulrico Mursa, em Santos, a Portuguesa teve uma atuação impecável e conquistou o título ao vencer o adversário por 3 a 0, com direito a olé.
A campanha da Lusa contou com 26 jogos, 16 vitórias, 9 empates e uma derrota, com 50 gols pró e 15 contra. Além disso, fez o artilheiro da competição. Willian estufou as redes em 19 ocasiões. Ano que vem é vida nova, em uma nova divisão, justamente no ano de seu centenário.